堂内はらせん状に三階建てとなっていて、1階正面に本尊の魚藍観世音菩薩が祀られています。その左側の通路より右回りに(住職の吹き込んだ説明テープを聴きながら）進んで行くと、２階３階と上がっていき、また回りながら同じ道を通らずに1階に戻ってくるといった造りになっています。

　その回廊の内壁に、１階に秩父３４観音、２階に坂東３３観音、３階に西国３３観音、計１００札所の観世音菩薩を模した観音様（寄木造）が安置されています。またそれぞれの観音様の頭上にはその観音様の奉安されている各お寺の風景画・御詠歌が掲げられています。さざえ堂を一回りすれば百箇所の札所を巡った功徳を得らるといわれております。

   

　仏の前を右に回って退出するという「右繞三匝(うにょうさんぞう）」という仏教儀礼を建築構造に採り入れた大変珍しい建築様式です。これを三匝堂といいますが、この「さざえ堂」という呼び名は、貝のサザエに似ているからとも、三匝堂の呼び名が変化したものとも言われています。

   

　この様式は、江戸時代後期に盛んに建築されましたが、現存しているの中ではここ曹源寺が最大の規模であり、また、埼玉県本庄市にある成身院百体観音堂、福島県会津若松市にある旧正宗寺三匝堂と合わせて日本三さざえ堂と呼ばれています。